Tras la reconversión en S.A.D, habrá que esperar a la llegada al banquillo de Lorenzo Serra Ferrer en las últimas jornadas de la temporada 1993-94 para volver a ver el Betis en 1ª división: El ascenso en Burgos de 1994 pone fin a 3 años en la División de Plata. Con el mallorquín en el banquillo y la eclosión de los ingresos televisivos, el club vive tres años para el recuerdo: en la primera temporada tras el ascenso se convierte en el equipo revelación, finalizando en 3a. posición de la tabla; en la temporada 1996-97 repite entre los cuatro primeros y llega a la final de la Copa del Rey, cayendo ante el FC Barcelona en un partido resuelto en la prórroga. En aquella final jugaron Jaro, Jaime, Vidakovic, Ríos, Merino (Ureña, 64) Alexis, Nadj, Finidi, Cañas (Pier, 71) Jarni, Alfonso. Los goles béticos fueron conseguidos por Alfonso y Finidi.
En 1997 el equipo traspasó al Athletic Club el jugador Roberto Ríos por la cantidad más alta de la época: 2.000 millones de pesetas (12 millones de €).
El Betis tuvo una digna participación en la Recopa de Europa, pero pasó por un periodo de inestabilidad que le llevó a descender en el 2000.
Regresa a la temporada siguiente como subcampeón de la Categoría de Plata, clasificándose para la Copa de la UEFA con Juande Ramos en el banquillo la 2001-2002. No obstante, la falta de continuidad lo llevará a dos años mediocres hasta que se produce la vuelta de Serra Ferrer.
Con éste nuevamente en el banquillo, 2005 se convierte en el año del Betis: el club verdiblanco finalizó en 4a. posición en la tabla y ganó la Copa del Rey 2004-05 en el Vicente Calderón, ante el At. Osasuna por 2-1 (goles de Oliveira y Dani), alineándose: Doblas, Melli, Rivas (Lembo, 78), Juanito, Luis Fernández, Arzu (Varela, 67), Marcos Assunsao, Joaquín, Fernando, Edu (Dani, 89) y Oliveira.
Dos meses más tarde, se convirtió en el primer equipo andaluz que se clasificó para disputar la Copa de Europa bajo el formato de Liga de Campeones al superar en la eliminatoria previa al AS Mónaco –subcampeón de la edición de 2003-04,(que entonces tenía jugadores de la talla de Roma, Maicon, Evra, Adebayor, y sobre todo, su estrella, Chevantón), y disputó la fase de grupos encuadrado en el grupo del Campeón defensor, el Liverpool FC, y el campeón de la Liga Inglesa, el Chelsea FC.
Una vez más, tónica constante de la existencia verdiblanca, a un año de euforia le sucede otro de desasosiego: el equipo rozó el descenso en la temporada 2005-06 y la temporada finalizó con la división entre presidente y entrenador, y una crisis institucional desconocida desde finales de los '80. En la campaña 2006-07 el Real Betis hizo una pobre temporada, salvándose del descenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Racing de Santander en el Sardinero, con dos goles de Edu. El entrenador en esta temporada empezó siendo Javier Irureta, pero tras muchos malos resultados, se le cesó y asumió el cargo Luis Fernández, aunque también fue cesado en la última jornada de liga, sustituyéndolo Paco Chaparro (Entrenador del Betis B).
Tras conseguir la permanencia con apuros en tres temporadas consecutivas, el Betis desciende a 2a. división el 31 de mayo de 2009. 15 días después del descenso, más de 60.000 béticos se manifiestan reclamando un cambio institucional y la marcha del máximo accionista. Aquel día sería recordado como el 15-J, manifestación tras la cual nacería la Fundación Heliópolis. En paralelo, se desarrolla la fase de instrucción de la querella por delito societario presentada contra éste por las asociaciones Liga de Juristas Béticos, Por Nuestro Betis y Béticos por el Villamarín, con la jueza Mercedes Alaya instruyendo el caso.
En la Temporada 2009-10 se roza el ascenso, pero el equipo se quedaría un año más en Segunda División tras apurar sus opciones de ascenso hasta la última jornada de Liga. Ruiz de Lopera intentó vender ese verano su paquete de acciones a un grupo encabezado por el empresario Luis Oliver, pero la jueza instructora paralizó dicha venta para, posteriormente, trasladar los derechos políticos de las acciones a una administración judicial. Ya con la Liga comenzada y en una situación económica muy complicada, Rafael Gordillo -nuevo Presidente-, José Antonio Bosch -vicepresidente sustituyendo al fallecido Juan Manuel Gómez Porrúa- y Luis Ruiz de Huidobro se hacen con la misión de velar por las acciones de Farusa (propiedad de Lopera).
Tras más de seis meses de gestión que se culminó con el ascenso a Primera División, Rafael Gordillo se retira de la presidencia para dar paso a Miguel Guillén Vallejo, que es nombrado en la junta general de accionistas de junio de 2011 junto con Pablo Gómez Falcón como vicepresidente.
